पिछली फिल्म की घटनाओं के बाद, एक पुरातात्विक शोधकर्ता प्रोफेसर रंगनाथ राव, ग्रीस में एक पुस्तकालय का दौरा करते हैं और सीखते हैं कि भगवान कृष्ण ने उद्धव पर अपनी पायल की रक्षा करने के लिए भरोसा किया है जो कलियुग में मनुष्यों के सामने आने वाली समस्याओं के समाधान से लैस है। कार्तिकेय हैदराबाद के एक डॉक्टर हैं जो विज्ञान और तर्क में विश्वास करते हैं। अपनी माँ द्वारा वर्षों पहले किए गए एक व्रत को पूरा करने के लिए, कार्तिकेय अपनी माँ और चाचा सदानंद के साथ द्वारका के लिए रवाना होते हैं, जो भगवान कृष्ण के भक्त हैं। एक रात, एक घायल राव कुछ प्रकट करने के लिए कार्तिकेय से मिलता है लेकिन कार्तिकेय के इलाज से पहले उसका अपहरण कर लिया जाता है। अगले दिन, उसकी माँ लापता हो जाती है और कार्तिकेय को पुलिस ने गिरफ्तार कर लिया है, जो उस पर हत्या का आरोप लगाती है।
पुलिस कार्तिकेय से उस जानकारी के बारे में पूछती है जो राव ने कथित तौर पर उसकी रिहाई के बदले उसे बताई थी। एक महिला कार्तिकेय को पुलिस से बचाती है, जहां वह खुद को राव की पोती मुग्धा के रूप में पेश करती है। इस बीच, एक रहस्यमय व्यक्ति कार्तिकेय को मारने के लिए उस पर हमला करता है लेकिन जब वह भगवान कृष्ण की मूर्ति को देखता है तो रुक जाता है। वे एक ऋषि के माध्यम से सीखते हैं कि मनुष्य एक निर्वासित पंथ का सदस्य है, जो भगवान कृष्ण की पूजा करता है। उनका उद्देश्य कृष्ण के सामान के पास आने वाले किसी भी व्यक्ति को मारना है। बाद में, कार्तिकेय अपनी मां को ढूंढता है और उसे कृष्ण के भजन के 11 दिनों में भाग लेने की अनुमति देता है, ताकि वह रहस्य को उजागर कर सके। वे बेट द्वारका में राव के कार्यालय जाते हैं और उनके द्वारा लिखे गए एक पत्र को पढ़ते हैं। राव ने पाया कि उद्धव ने पायल को किसी अज्ञात स्थान पर छिपा दिया था, जिससे उसे खोजने के लिए सुराग मिले। सदियों से, कई साहसी पुरुषों ने इसे व्यर्थ खोजने की कोशिश की।
पल्लव राजा सूर्यवर्मन निकटतम पहुंचे और ग्रीक यात्री टॉलेमी को अंतिम सुराग बताया। टॉलेमी ने वस्तु को कृष्ण थाटाकम में उस सुराग के साथ छिपा दिया था जिसे कार्तिकेय पुनः प्राप्त करता है। यह पता चला है कि शांतनु नामक एक अन्य प्रोफेसर, जो पायल के पीछे भी है, ने राव को मार डाला था और पुलिस को कार्तिकेय के बारे में सूचित किया था। शांतनु कार्तिकेय और मुग्धा को खोजने वालों के लिए एक इनाम की घोषणा करता है। हालांकि, वे मोर के आकार की वस्तु को डिकोड करते हैं, गोवर्धन हिल में अंतिम सुराग का पता लगाते हैं और सुलेमान के ट्रक को उस स्थान पर तस्करी के लिए किराए पर लेते हैं। आगमन पर, उन्हें इनाम के लिए ग्रामीणों द्वारा पकड़ लिया जाता है, लेकिन वे भागने में सफल हो जाते हैं। वे मोर के आकार की वस्तु की मदद से पहाड़ी में प्रवेश करते हैं और अंदर से एक दूरबीन निकालते हैं। अगली सुबह, मुग्धा दूरबीन के साथ भाग जाती है, जबकि कार्तिकेय और अन्य को शांतनु के आदमियों द्वारा पकड़ लिया जाता है, जो उन्हें रेगिस्तान में मरने के लिए छोड़ देते हैं।
मुग्धा वापस आती है और उन्हें बचाती है, डॉ धन्वंतरी के संपर्क को भी ढूंढती है, जो उनकी मदद कर सकते हैं। वे हिमाचल प्रदेश की यात्रा करते हैं और उनसे मिलने जाते हैं। धन्वंतरी बताते हैं कि राव और शांतनु एक गुप्त समाज का हिस्सा थे, जो मानते हैं कि प्राचीन भारत में आधुनिक दुनिया की तुलना में कहीं अधिक उन्नत तकनीक है। जब शांतनु ने स्वार्थी कारणों से कृष्ण की पायल का उपयोग करने का प्रस्ताव रखा, तो राव ने इसके बजाय सामूहिक भलाई के लिए इसका उपयोग करने की मांग की। भाग्य राव को अपने मिशन को आगे बढ़ाने के लिए कार्तिकेय को चुनने देता है। धन्वंतरी यह भी बताते हैं कि कृष्ण केवल एक देवता ही नहीं थे, बल्कि इस ग्रह पर जन्मे और पले-बढ़े व्यक्ति भी थे, जिन्होंने विभिन्न क्षेत्रों में उत्कृष्ट प्रदर्शन किया। लौटते समय, वे पुलिस से घिरे होते हैं, लेकिन वे एक जमी हुई नदी से भाग जाते हैं। हालांकि, ट्रक में ईंधन खत्म हो गया और वह डूब गया। उन पर एक बार फिर अभीरा द्वारा हमला किया जाता है, लेकिन कृष्ण पक्ष के कारण 24 घंटे शांति का अभ्यास करने के लिए मजबूर किया जाता है।
कार्तिकेय दूरबीन के माध्यम से नक्षत्रों का अवलोकन करते हैं और अंतिम स्थान का पता लगाते हैं। वे एक झरने के माध्यम से उस स्थान पर पहुँचते हैं लेकिन अभीरा उन्हें मारने के लिए हमला करता है। हालाँकि, कार्तिकेय मोर के आकार की वस्तु और दूरबीन से एक बांसुरी बनाते हैं और उसे उस गुफा में कृष्ण की मूर्ति पर रख देते हैं। मूर्ति मुड़ती है और सांपों से भरे एक भूमिगत दालान को खोलती है जो पायल की ओर जाता है। कार्तिकेय ने पायल को सफलतापूर्वक पुनः प्राप्त कर लिया, जहां वह पायल खोजने के लिए राष्ट्रव्यापी ख्याति प्राप्त करता है जबकि शांतनु को अभयरा द्वारा बेरहमी से मार दिया जाता है। इसके बाद, कार्तिकेय कृष्ण और अटलांटिक महासागर के गहरे पानी के बीच रहस्यमय संबंध को उजागर करने के लिए एक नए मिशन पर निकल पड़ते हैं।